Dag 2 så utfördes PCR, kontrollelektrofores och klyning av plasmid.
PCR gjordes för att amplifiera LL-37 genen och sedan gjordes en PCR för att kontrollera om genen fanns. Därefter gjordes en klyning för att separera inserten från vektorn.
Första gelen som gjordes blev brunnarna för små och detta gjorde att inget kunde vandra genom gelen och inget resultat kunde tydas. En ny gel gjordes men utan plasmidprep.
Bild 1 första brunnen från vänster visar markör IX, nästa visar positiv kontroll, tredje visar negativ kontroll och sista är PCR produkt
Resultatet av gelelektroforesen blev bra och tillförlitlig eftersom att det negativa provet inte visar något band och alltså finns ingen carry-over kontamination. PCR-provet visar ett band lite under 603 baspar och detta är då LL-37 genen som ligger på ca 550 bp. Den positiva kontrollen har däremot vandrat för långt och det kan bero på att den hade väldigt hög koncentration. Annars skulle den också ha ett band vid ca 550 bp så den postiva är inte tillförlitlig.
Till nästa gelelektrofores ska jag tänka på att kammen ska vara rätt justerad så att brunnarna blir tillräckligt djupa. Något annat jag har tänkt på är att inte ha positiv och negativ kontroll bredvid varandra eftersom att det kanske kan hamna positiv kontroll i den negativa som då inte är till någon nytta.
Hej !
SvaraRaderaBra att nästa gelelektrofores lyckades bättre :)Vad jag tänkte på är att er positiva kontroll visar två band...Vår tex visade bara ett jättetjockt band... Undra varför hmm? Menar du att ni kanske haft i för mycket positiv kontroll och att ni kanske därför fått två band och att den vandrat för långt? En liten fundering bara. En annan sak jag tänkte på som är bra är att er markör IX ser jättebra ut, vår blev utsmetad i båda elektroforeserna.